Гідраграфічная сетка Нацыянальнага парка «Нарачанскі» прадстаўлена шматлікімі азёрамі, малымі рэкамі і гідрамеліярацыйнымі каналамі. Асаблівую каштоўнасць уяўляюць азёры парку, якія аб'ядноўваюцца ў некалькі азёрных груп. Нарачанская група ўключае ў сябе звязаныя паміж сабой возера Баторына, Мястра, Нарач і Белае.

Асаблівае месца сярод водных аб'ектаў займае найбуйнейшае ў Беларусі возера Нарач (плошча каля 80 км², аб'ём воднай масы 0,7 км³). Валодаючы ўнікальнай па сваіх якасцях гідракарбанатна-кальцыевай вадой і шырокай, складзенай чыстым кварцавым пяском літаральнай зонай, яно з'яўляецца найважнейшым рэкрэацыйных рэсурсам нацыянальнага парку. Возера займае круглявую асіметрычную катлавіну.
Паўночныя і паўночна-ўсходнія схілы высокія, абразійныя, на іншых участках берага - спадзістыя пясчаныя. Берага пакрыты ляснымі масівамі, якія прадстаўлены ў асноўным хваёвымі лясамі. Возера Мястра - буйны сярэднеглубокі вадаём з парэзанай берагавой лініяй. Паўночныя і паўночна-ўсходнія схілы стромкія, у іншых месцах - спадзістыя з нізкімі забалочанымі берагамі. Возера Баторына, пачатковае ў ланцугу азёр, уяўляе сабой невялікі вадаём з нізкай якасцю вады.

Мядзельская група ўключае ў сябе шэраг сярэдніх і невялікіх глыбокіх вадаёмаў. Самае буйное і глыбокае ў яе складзе - возера Мядзель, найбольш глыбокія азёры Воўчына і Рудакова, сярэднеглубокія азёры Лотвіны, Ходас і Расохі і плыткія Кузьмічы. Найбольш высокай якасцю вады адрозніваюцца возера Рудакова, Мядзель і Воўчына. Швакшцінская група ўключае возера Вялікія і Малыя Швакшты і воз. Белагаловае. Значнае па плошчы, але плыткае і слабапраточнае возера В. Швакшты карыстаецца папулярнасцю ў турыстаў і рыбаловаў-аматараў. На яго беразе абсталявана некалькі турысцкіх стаянак.

Болдукская група азёр размешчана на тэрыторыі былога заказніка «Блакітныя азёры». Яна ўключае возера Болдук, Глубля, Глубелька, Ячменец, Імшарэц, Мёртвае. Возера Балдук, Глубля і Глубелька - глыбокія праточныя вадаёмы. Найбольш буйное з іх - возера Балдук (плошча 0,78 км², максімальная глыбіня 39,7 м). Азёры адрозніваюцца глыбокімі катлавінамі, чыстай вадой і адсутнасцю выяўленых экалагічных парушэнняў. Азёры Болдукской групы характарызуюцца выключна высокімі эстэтычнымі характарыстыкамі, аднак вельмі адчувальныя да антрапагенных нагрузак і маюць патрэбу ў асаблівай ахове.

Свірская група азёр ўключае буйныя плыткія азёры Свір, Вішнеўскае і шэраг больш дробных азёр - Свірнішча, Глухое, Тучша і інш. Найбольш нізкая якасць вады адзначана ў азёрах Свір і Слабадское, значна чысцей вада ў воз. Вішнеўскае.

Па тэрыторыі нацыянальнага парку працякаюць малыя рэкі Нарач і Страча. Рака Нарач бярэ пачатак з возера Нарач. Яна мае слаба выяўленую даліну з заўважнай поймай шырынёй 300 - 600 м. Рэчышча звілістае, часткова каналізаванае, шырынёй 8 - 16 м. Рака Страча выцякае з воз. М. Швакшты, мае слаба распрацаваную даліну з спадзістымі схіламі, вузкую (50 - 150 м) пойму. Рэчышча моцназвілістае, шырынёй 10 -20 м. Рэкі традыцыйна выкарыстоўваюцца для воднага турызму.

  Побач з вадаёмам размешчаны наступныя аб'екты:

Антонiсберг Мiнская вобласць Вадаем (возера Нарач, плошча 79.60км2;) Пляж (санаторыя Белая Русь; пясчаны, альтанкі, валейбольная пляцоўка, паветка, лежакі, пірс, кабінкі для перапранання, вулічныя трэнажоры) Адлегласць да вадаёма 400м; Здаравей Мiнская вобласць Вадаем (возера Нарач, плошча 79.60км2;) Пляж (неабсталяваны) Адлегласць да вадаёма 500м; Наносы Мiнская вобласць Вадаем (возера Нарач, плошча 79.60км2;) Пляж (неабсталяваны, 150 м) Адлегласць да вадаёма 200м; Нарач Мiнская вобласць Вадаем (возера Нарач, плошча 79.60км2;) Пляж (лаўкі, кабінкі для пераапранання, парасоны, пірс) Адлегласць да вадаёма 100м; Нарач Мiнская вобласць Вадаем (возера Нарач, плошча 79.60км2;) Адлегласць да вадаёма 150м; Нарач на Зялёнай Мiнская вобласць Вадаем (возера Нарач, плошча 79.60км2;) Пляж (лежакі, кабінкі для пераапранання, душ) Адлегласць да вадаёма 100м; Нарач на Набярэжнай Мiнская вобласць Вадаем (возера Нарач, плошча 79.60км2;) Пляж (санаторыя Нарачанскі бераг, лежакі, кабінкі для пераапранання, душ) Адлегласць да вадаёма 50м; Пронькі Мiнская вобласць Вадаем (возера Нарач, плошча 79.60км2;) Адлегласць да вадаёма 800м; Чайка Мiнская вобласць Вадаем (возера Нарач, плошча 79.60км2;) Пляж (шэзлонгі, пункт пракату плаўсродкаў, кабінкі для пераапранання, душавыя кабінкі, пірс) Адлегласць да вадаёма 200м;

Насяляюць наступныя рыбы: